醫療器械凈化工程建設要考慮以下問題：

1.廠區總體布局合理：不對無菌醫療器械生產區域，尤其是潔凈區產生不良影響。

2.在選擇廠址時，應考慮到廠址周圍的自然環境和衛生狀況，至少不會造成空氣或水污染，并應遠離交通干線和貨場。

3.廠區環境要求：廠區地面和道路應平整，無灰塵。通過綠化減少露水面積或控制灰塵是適當的。垃圾、閑置物品等不得露天保管等。簡言之，工廠環境不應對無菌醫療設備生產造成污染。